Cerkev sv. Janeza Krstnika je sezidana na kraju, kjer je bilo v rimskih časih pokopališče. Morda segajo prvi začetki cerkve že v konec antične dobe. Ajdovščina je prvič omenjena leta 1507 in takrat je tu že bila cerkev sv. Janeza Krstnika. Najstarejša letnica, vklesana v cerkvi, je iz leta 1559 nad desnim stebrom, ki podpira kor. Zraven je grb in ime MATHIA SHERER. Na levim stebrom je vklesan grb in letnica 1769. Glavni oltar je Pasquale Lazzarini naredil okrog leta 1730 za minoritski samostan v Gorici. Ker je cesar Jožef II. samostan ukinil, so oltar leta 1811 kupili v Ajdovščini. Osrednji kip na sredini oltarja predstavlja sv. Frančiška Asiškega. Na desni je kip sv. Ludovika in na levi kip sv. Bonaventura. Na vrhnjem delu oltarja je v sredini kip Marije Vnebovzete. Ob njej so skulpture, ki predstavljajo tri Božje kreposti: vero, upanje in ljubezen. Na baldahinu nad tabernakljem sta kipca Janeza Krstnika, ki krščuje Jezusa. Veliki oltar je zelo lepa baročna umetnina. Dva oltarja iz črnega marmorja je naredil leta 1699 kipar Mihael Kussa. Desni oltar je posvečen sv. Roku. Na oltarni sliki neznanega avtorja je sv. Rok, ob njem sta upodobljena še sv. Anton Padovanski in sv. Frančišek Asiški. Podoba je verjetno iz obdobja nastanka oltarja. Na vrhi oltarja je ovalna slika sv. Sebastijana. Črni oltar na levi strani cerkvene ladje je menjaval svoje zavetnike. Najprej je bil posvečen Mariji, nato sv. Barbari in sedaj Srcu Jezusovemu. Na vrhu oltarja je ovalna slika sv. Miklavža. Pod njo je napis 16.P.Nicolaus recesco curavit fieri 99.   Oltar sv. Jožefa je pred korom na levi strani. Avtor oltarja je neznan. Nastal je verjetno okrog leta 1774, ko je ajdovski rojak Anton Cebej naslikal sliko Smrt sv. Jožefa. Na vrhu oltarja je ovalna podoba sv. Marjete istega avtorja. Marijin oltar na desni strani pred korom je bil verjetno isklesan v istem času kot glavni oltar. V njem je bila najprej podoba Marije Vnebovzete, za ketero ne vemo, kdo jo je naslikal. Sedaj je v oltarju lesen kip Lurške Marije. Ob straneh sta marmorna kipa sv. Ignacija in sv. Frančiška Ksaverija. Prvi dve freski na stropu je naslikal Anton Cebej. Na prvi je upodobljen obisk tete Elizabete in Janeza Krstnika pri sv. Družini. Na srednjem, največjem polju je upodobljen Janez Krstnik z nebeščani pri kronanju Device Marije. Med svetniki so naslikani še sv. Rok, sv. Barbara, sv. Jožef, sv. Frančišek Asiški, sv. Miklavž, sv. Katarina, sv. Hieronim, sv. Ana, sv. Sebastijan in drugi. Tudi tretjo freski nad korom je naslikal Anton Cebej, a je bila med prvo svetovno vojno uničena. Clemente Del Neri je leta  1937 na njenem mestu upodobil Janeza Krstnika, ko oznanja v puščavi. Največje Cebejevo delo v cerkvi je križev pot, ki je nastal okrog leta 1770. Spada med najstarejše in najbolj znane baročne križeve pote v Sloveniji.. V letih 1992 in 1993 ga je obnovil restavrator specialist Miha Pirnat. V Narodni galeriji je bil razstavljen leta 1994. V prezbiteriju je največja slika sv. Marka. Na desni strani sv. Marka sta upodobljena sv. Boštjan in sv. Rok. (Tizianov avtoportret). Na levi sta upodobljena sv. Kozma in Damijan, zrdavnika in mučenca. Je kopija slike, ki jo je naslikal V. Tizian za beneško cerkev Santa Maria della salute v zahvalo za konec epidemije kuge. Podoba Marije Vnebovzete, delo neznanega avtorja ki je bila prvotno v marijinem oltarju, je sedaj na severni strani v prezbiteriju. Na južni strani prezbiterija je podoba sv. Barbare. Je kopija slike slikarja Palme Vecchia. V cerkveni shrambi je še ena slika sv. Barbare, enake velikosti kot prej omenjene, a je potrebna obnove. Dva medaljona spredaj v cerkveni ladji, ki predstavljata sv. Ano in sv. Terezijo Deteta Jezusa, sta delo Clemente del Nerija. Dvomanualne pnevmatske orgle iz leta 1932 so izdelek goriške delavnice Caecilia. Ivan Albreht; Osnutek zgodovine ajdovske župnije in cerkve, stran 71-73https://zupnija-ajdovscina.rkc.si/index.php/content/display/90