Kakšna je bila cerkev sv. Ivana na začetku 16. stoletja, ne vemo. Gotovo je bila manjša od sedanje.

Prva letnica, ki je vklesana na sedanji cerkvi, je iz leta 1559. Nad desnim kamnitim stebrom, ki podpira pevski kor, je kamnita plošča z vklesanim grbom, ob njem pa letnica 1559. Nad grbom je napisano ime MATHIA SHERER. Takrat cerkev še ni imela sedanje velikosti in tudi plošča prvotno verjetno ni bila na tem mestu, ker je stil kora iz poznejšega obdobja. Verjetno pa so bili iz leta 1559 v takratni cerkvi sv. Janeza Krstnika pomembni zidarski posegi, ki jih je bodisi vodil, bodisi financiral Mathia Sherer.

Leta 1699 so bili posvečeni trije oltarji

Ajdovska cekev je bila povečana in dodatno opremljena leta 1699. Dela je vodil neki Janez Vovk.

Letnica 1699 je vklesana na oltarju Srca Jezusovega, kjer je pod zgornjo sliko sv. Miklavža vklesan napis:

16.p.nicolaus. recesco. curavit fieri 99

Po domače povedano: P.Nikolaj je s svojim denarjem poskrbel, da je bil leta 1699 narejen oltar.

4.7. 1699 je tržaški škov Giovanni Müller v ajdovski cerkvi posvetil tri oltarje: sv.Roka, sv Marije (te je sedaj oltar Srca Jezusovega) in sv. Janeza Krstnika. O povetitvi obstaja listina.

Kje je oltar sv. Janeza Krstnika iz leta 1699, kaj se je z njim zgodilo, potem ko so leta 1811 kupili v Gorici sedanji glavni oltar, še ni znano.

Oltarja sv. Roka in Srca Jezusovega je naredil nekaj mesecev pred smrtjo znani kipar in kamnosek, domačin iz Lokavca, Mihael Cussa (Kuša) (1657 - 1699). S kamnito cerkveno opremo (oltarji, prižnice, okvirji) je oskrboval cerkve na slovenskem (Ljubljana, Mekinje, Škofja Loka, Bled, Lokavec, Ajdovščina) in Hrvatskem (prižnica v zagrebški stolnici, veliki oltar v frančiškanski cerkvi v Karlovcu). Uporabljal je črni marmor in raznobarvne kamnite vložke. Poudarek je na oltarni arhitekturi ter plemenitosti materiala in usklajenosti različnih barv. [Primerjaj: Enciklopedija slovenije, 6. knjiga, Kuša Mihael, stran 81]

Oba oltarja iz črnega marmorja sta odlično umetniško delo in še danes dobro ohranjena.

Oltar Srca Jezusovega je v zgodovini menjaval zavetnike. Najprej je bil posvečen Mariji. Kasneje so dali v oltar poodobo sv. Barbare, ki je kopija slike znanega italijanskega slikarja Palma Vecchia. Vsaj leta 1750 je že bila tam, saj škof Attems v vizitacijskem poročilu omenja oltar sv. Barbare. Ona je zavetnica rudarjev, priprošnjica proti streli, zavetnica vsem, ki jim grozi nagla in nepredvidena smrt.[Primerjaj: Leto svetnikov IV, Ljubljana 1974, stran 445] V tem stoletju se je podoba sv. Barbare umaknila sliki Srca Jezusovega, ki je sedaj v veroučni učilnici. Pozneje so na njeno mesto dali kip Srca Jezusovega in ob tem oltar nekoliko poškodovali. Slika sv. Barbare sedaj visi na južni steni v prezbiteriju.

Na vrhu oltarja je ovalna slika sv. Miklavža, verjetno zato, ker je denar za oltar darval neki p. Nikolaj.

Drugi Kussov oltar je posvečen sv. Roku. Oltar v tristoletni zgodovini ni zamenjal zavetnika. Osrednja slika upodablja sv. Roka v družbi sv. Frančiška Asiškega in sv. Antona Padovanskega. Svetniki so naslikani na platnu 160x90 cm v oljni tehniki. Avtor je neznan, verjetno iz beneške šole iz časov nastanka oltarja. Po mnenju slikarja Vena Pilona je to najboljša slika v cerkvi, a potrebna obnove.

Na vrhu oltarja je ovalna podoba sv. Sebastijana.

Ivan Albreht; Osnutek zgodovine ajdovske župnije in cerkve, stran 13-14