Pod oglejskim patriarhom (do leta 1751) in pod goriško nadškofijo (1752 - 1945)

Ves srednji vek in v novem veku tja do leta 1751 je Vipavska dolina cerkveno spadala pod oglejski patriarhat.

Patriarhat je bil uknjen 6. julija 1751. Nasledila ga je goriška nadškofija, v jožefinski dobi za kratek presledek gradiščanska škofija, nato spet goriška nadškofija.

V letih 1830 - 1831 je prišlo do pomembnih sprememb škofijskih meja. Reka Hubelj je postala meja med goriško in ljubljansko škofijo tako, da so Šturje pripadle Ljubljani. Odlok papeža Pija VIII. je izšel 27.7.1830., veljavo pa je dobil 29.6.1831. [Primerjaj Klinec Rudolf, Zgodovina goriške nadškofije, GMD 1951, str. 45]

Župniji Ajdovščina in Šturje sta formalno pripadali dvrma različnima škofijama od leta 1831 do leta 1933, ko je Konzistorialna kongregacija dokončno pripojila dekanata Idrija in Vipava goriški nadškofiji. Dejansko ju je nadškof Frančišek B. Sedej upravljal že od italijanske zasedbe leta 1918. [Primerjaj Klinec Rudolf, n.d. str. 51]

Nova sprememba v goriški nadškofiji je nastala 15.9.1947, ko je z mirovno pogodbo večji del Slovenskega primorja priključen Jugoslaviji. Takrat je nastala apostolska administratura jugoslovanskega del goriške nadškofije.

Leta 1964 je bila ustanovljena apostolska administratura za Slovensko primorje, ki je poleg jugoslovanskega dela goriške nadškofije obsegala še jugoslovanski del tržaško-koprske škofije, slovenski del reške škofije in del ljubljanske škofije. Leta 1977 jo je nasledila koprska škofija. Vse te spremembe sta doživljali tudi župniji Ajdovščina in Šturje.

Pod vipavsko pražupnijo do 19. stoletja

Cerkev v Ajdovščini je dolga stoletja spadal a v vipavsko župnijo, in  sicer od nastanka vipavske pražupnije v drugi polovici 13. stoletja do leta 1830, ko je bila vipavska dekanija in župnija priključena ljubljanski škofiji.

Leta 1671 je postala Ajdovščina krajevna kaplanija s stalnim kaplanom. Prej so kaplani verjetno prihajali opravljat obrede v cerkev sv. Janeza Krstnika iz Vipave. H kaplaniji so spadali tudi verniki cerkve sv. Jurija.

Matične krstne knjige za Ajdovščino in Šturje so v vipavskem župnijskem arhivu od leta 1671. Od leta 1732 so matične krstne knjige že vodili v ajdovski kaplaniji in jih sedaj hrani ajdovski župnijski urad. Knjigo umrlih je kaplanija vodila od leta 1775.

Leta 1750 so se ob vizitaciji škofa Attemsa verniki cerkve sv. Jurija pritoževali, da se jim ajdovski kaplan premalo posveča. Bili so tudi drugi spori, med drugim zaradi ajdovskega pretiranega zvonjenja. Zato je škof Attems ustanovil novo kaplanijo v Šturjah, kateri sta pripadali še cerkvi sv. Martina in sv. Antona Padovanskega.

Devetnajsto stoletje je čas osamosvajanja

Vipavska pražupnija je bila razdeljena vsaj na tri vikarijate: Sveti Križ, Šentvid pri Vipavi, Štjak. Iz vizitacijskih zapisnikov škofa Attemsa sredi 18. stoletja je razvidno, sa je imel Sveti Križ vpliv nad Lokavcem in Velikimi Žabljami, morda tudi nad Ajdovščino. Vendar to ni gotovo, ker se Ajdovščina vedno omenja v povezavi z Vipavo.

V devetnajstem stoletju je bila ajdovska kaplanija odvisna od župnije Svetega Križa, ki je leta 1785 postala samostojna župnija, neodvisna od Vipave. [Primerjaj Kralj France, Kralj Angel, Kapucinski samostan s cerkvijo v Vipavskem Križu, Ljubljana 1993, stran 18]

19.11.1842 je Ajdovščina postala samostojna kaplanija s pravicami župnije, ni pa še imela naslova župnije. Istega leta je bila vključena v črniško dekanijo, kjer je ostala do leta 1992, ko je bila črniška dekanija odpravljena in vključena v vipavsko. Župniji Šturje in Ajdovščina sta po 162 letih spet skupaj v vipavski dekaniji.

Naslov popolnoma samostojne župnije je ajdovščina dobila 22.11.1898. Podelil ji ga je goriški nadškof in kasnejši prvi slovenski kardinal Jakob Missia.

Ivan Albreht; Osnutek zgodovine ajdovske župnije in cerkve, stran 10-12